Struktur organisasi AAUI terdiri dari Dewan Penasehat, Dewan Kehormatan, dan Dewan Pengurus Pusat. AAUI dipimpin oleh satu orang ketua yang diangkat dalam suatu kongres, kongres tersebut diadakan setiap 3 (tiga) tahun sekali dalam satu (1) periode. Kemudian ketua AAUI menunjuk beberapa wakil ketua atau wakil ketua bidang. Dalam melaksanakan tugas hariannya Dewan Pengurus Pusat dibantu oleh Sekretariat yang dipimpin oleh Direktur Eksekutif. Direktur Eksekutif diangkat oleh Dewan pengurus Pusat AAUI.